為什麼同乙個物種的基因組裡，有的基因序列進化快，有的則進化慢？

1樓：

dN/dS ratio 這個指標似乎可以用來衡量基因進化的快慢，其中 dN 衡量這條蛋白質序列異義突變積累的速率，dS則衡量同義突變積累的速率，象徵中性突變。

最早的關於這個ratio的使用在於將之於1比較。如果dN/dS <1, 說明這條基因被自然選擇的壓力轄持（purifying selection），中性突變在異義位點上的作用被限制，也就是突變者則通過物種死亡或者繁殖率降低的方式被剔除了種群，側面反映這條基因的功能重要性。

如果dN/dS >1, 則中性突變不足以解釋高於dS的dN, 一般傾向於認為這條基因受到自然選擇的壓力（保持不變的都被剔除了，positive selection）。側面反映這條基因在物種適應新環境時的重要作用。

然而不知道大神所指的基因的進化快慢是指什麼？不知道是哪篇文獻給樓主帶來這樣的思考？

就氨基酸序列的替換速率來說，只有密碼子的異義突變才會導致氨基酸的更換。目前認為影響之的原因很多，然而大多將中性突變作為null expection，如前面所說的dN/dS 衡量體系，認為中性突變所不能解釋的部分是受到自然選擇壓力的作用（purifying or positive）。

然而如今也有學者認為，BGC (biased gene conversion) 也會導致輕微有害突變（異義突變，或者說是氨基酸層面上的突變）的積累 (Romiguier et al. 2010)。

而同時，亦有文章指出物種metabolic rate, generation time 以及 effective population size 等也會影響到 substitution rate （Welch et al. 2008）。

所以以我有限的智商接觸這樣乙個非教科書式的現實理論世界，貧僧還是十分暈神的。