同乙個物種不同品種間同乙個基因的鹼基序列完全相同嗎?相似度會達到多少?

時間 2021-05-11 18:29:01

1樓:鐘文

分子生物學實驗想拿到乙個蛋白,常用的基因序列不外乎human,rat,mouse,monkey等模式生物的cDNA文庫,在此之前你得去multi alignment各個物種的序列,構建進化樹來確定這個基因的conserve程度。同乙個物種不同品種,比如說同乙個物種的monkey,不同品種比如說Tantalus monkey, Vervet monkey,至於說同乙個基因的鹼基序列完全相同嗎?你得看是什麼蛋白啊。

我貼上乙個蛋白質的alignment圖上來,Trim5蛋白在兩種候的蛋白序列對比。還是有幾個氨基酸是不一樣的,鹼基序列的話肯定也是不完全一樣的了。相似度的話你也得看具體蛋白。

管家基因相似度高。懶得再去aligment gene了。

2樓:

大部分品種間的直系同源基因平均相似度會95~100左右,非常接近。最常見就點突變,還可能是同義突變,翻譯出相同蛋白。

個別的大的突變的結果就可能差得多了。相似度低於50%都有可能。

還有可能某些品種有 de novo的新基因或者其他物種基因轉移過來的,其他種中不存在,更加沒法比。

當然出現大的基因突變的基因比例都很低。僅個位數百分比。品種遺傳關係越近比例越低。

除了基因上的區別,基因間隔區的變異情況,甲基化等表觀差異等也會是影響品種表型的重要變異,這些差異還可能不小。相比較而言翻譯蛋白的基因還是比較保守的。

3樓:Tortilla

如果是同乙個物種的話那共有基因也會相對的比較多。有些比較conserved的基因可能會一樣,也可能會不一樣,如果兩個基因轉錄出來的蛋白質結構和功能都差不多的話,那基因就有可能有一點區別,也可能完全一樣。不過想驗證這個問題的最好方法還是去用BLAST。

為什麼同乙個物種的基因組裡,有的基因序列進化快,有的則進化慢?

dN dS ratio 這個指標似乎可以用來衡量基因進化的快慢,其中 dN 衡量這條蛋白質序列異義突變積累的速率,dS則衡量同義突變積累的速率,象徵中性突變。最早的關於這個ratio的使用在於將之於1比較。如果dN dS 1,說明這條基因被自然選擇的壓力轄持 purifying selection ...

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