同一物種的轉錄組能100 地比對上基因組嗎?

時間 2021-06-02 14:53:57

1樓:三土哥哥

理論上是可以的。但實際上會有很多問題導致無法達到100%

(1)基因本身發生變異。發生在編碼基因上的SNP和InDel會導致轉錄本無法100% map到參考基因組上。

(2)軟體演算法的差異會導致轉錄本序列沒辦法完全比對到參考基因組上。

2樓:田魯亦

不會,對於多細胞生物,某些組織在其生命週期內都不會表達某些基因。對於人來來說。一般的組織,其RNA-seq資料在18000多個基因中有10000多個有表達(見圖B),其他都是0.

人類大部分型別的細胞都表達的基因有8000個左右(見圖C)。

對於所有生物,其基因也不是在生命週期內都表達的(見圖E)。試想你有乙個工具庫。當需要擰十字頭螺絲的時候你不會掏出來一字頭。

鋸木頭的時候你不會掏出來電筆。生物裡很多基因是在某些條件下才大量表達的。

(10.1371/journal.pcbi.1000598)

即便基因表達,轉錄後的編輯普遍存在於生物中。例如可變剪下,以及鹼基的改變。

所以,現在從轉錄組反過來獲取的基因組的應用有限,主要應用在一些比較原始的細菌中。

3樓:梅菜花豬豬

理論上來說應該可以,最求目標100%匹配,實際操作不可能。

舉乙個簡單的例子,但在某時間點取某特定樣本,某些基因可能不表達或者表達量極少。在比對的時候就有可能被程式忽略掉,最終結果就是無法100%匹配。

4樓:Xi Yang

通常來講,不可能。即使不考慮測序錯誤,轉錄之後會有各種編輯,特別是高等生物。

而且,由於RNA操作的困難性,轉錄組的覆蓋率經常會有問題。或者說,你很難得到完整地覆蓋CDS的轉錄組序列。

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