結構生物學解出的結構和體內實際結構相比存在多少差異?

時間 2021-05-30 00:08:35

1樓:

正在解蛋白質結構,就隨手發上了吧。高票答案已經講得非常好了,我就是狗尾續貂,刷一下存在感。

生物裡中的蛋白質都處在伸展狀態,而x射線衍射需要的蛋白質晶體中的蛋白質都處於packing的狀態,像磚頭一樣一塊一塊排列起來的。

解出來的結構跟現實中蛋白質是有差異的,這是因為「沒有完美的晶體」。在X-射線收集資料的時候,只能夠得到蛋白質單體中相似的部分,而把不同的部分給忽略掉了。

在X射線晶體學中,我們用R factor這個指標來衡量解出來的結構跟實際收集的蛋白資料的差異,這個數值越小越好。R Free 這個值如果低於0.25,基本上就是可發表的了,一般我們實驗室都要求做到接近0.

20左右。

順便說一下,我現在所在的學院是化學系,跟生物系是不同的學院,我也是經過了物理化學,無機,有機,分析等化學考試,化學課,才進入這個學院學習的。

為什麼學了半天,在國內的分類中,我做的研究依舊是生物類的?我為了爬出生物坑容易嘛。爬了半天為什麼又爬回來了?

2樓:

非此專業。曾經就此問題問過饒子和院士。他的通俗解釋是只能說隨著方法的進步,現在的結構越來越接近於真實體內,但是到底差多少不得而知。另外補充說,差異應該不影響該行業應用。

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