為什麼基因檢測 同一位置醫院檢測不出突變,但是第三方機構檢測出突變?

時間 2021-06-02 03:15:01

1樓:

NGS腫瘤突變檢測會受很多因素的影響,比如腫瘤的純度,異質性,測序深度,測序平台等,但最重要的影響因素還是腫瘤組織自身的純度,異質性等因素。此外,組織和血液檢測的結果也會有一些差異。

對於低頻的突變,比如突變頻率在千分之一左右,兩次結果不一樣也是正常現象,對於頻率稍微高一點的,比如突變頻率在百分之一以上的突變,不同公司都會測出來,結果不會差很多。

你可以問醫院,這個突變檢出頻率是多少,大概率和公司檢出的頻率不會差很多。

2樓:基因檢測學習者

這個裡面可能存在因素包括以下幾點:1、腫瘤組織存在空間異質性,同乙個蠟塊,甚至同一張白片都會存在異質性,就是測的這個部分就是沒有突變,但是換乙個部分就會突變的;2、檢測平台的靈敏度有差異,醫院如果用pcr平台,外面的第三方實驗室使用ngs平台,那麼檢測的靈敏度是不一樣的;3、檢測中也存在操作是否規範,從提取建庫甚至後期資料分析,操作不規範,可能引起結果的差異;4、同樣是乙個基因,醫院裡面可能檢測的是熱點突變,第三方檢測的是全外顯子檢測,那麼覆蓋度不同,雖然檢測了相同的基因,但是就會出現檢測結果的差異的。所以這個影響因素還是比較多的。

3樓:精準小天使

原因可以是多種:

1.首先是組織還是血液檢測,組織的一致性會好一些,血液的會差很多。

2.ctDNA之前已經有文獻對比不同的全球知名的基因公司的檢測結果,我印象裡有兩篇,一致性非常差。原因也比較多。

技術層面+生信分析軟體+panel的探針設計+流程優化+假陽性過濾+解讀等等每個地方都可能造成結果的差異。

3.組織雖然一致性好一些,不同癌種異質性差異很大。即使同乙個樣本同一位置的結果,不同公司剛剛說的那些點,也會造成差異。

如果是熱點基因熱點位置,探針設計的時候大部分公司會涉及到的,生信分析環節軟體的差異,還有有些公司缺少軟體優化的過程,下游資料的過濾流程也會有差異,這些都會造成差異,但按理對於熱點基因熱點突變不應該有很大的差異(很爛的公司當然是沒有下限的)。

4.排除流程和軟體等方面的差異,醫院的檢測有些是針對熱點的基因的熱點突變,針對熱點基因也並非全外顯子的檢測,而第三方的公司針對熱點基因基本都是全外顯子檢測,非熱點的基因會覆蓋熱點的區域(當然宣傳的時候都會說是panel中所有的基因都是全外顯子檢測)。

4樓:奇偶人生

背景交代不夠明晰,無法給出確切的判斷。影響結果的因素有兩次檢測的取樣時間,檢測的樣本型別,檢測的方法學。嚴格來說只有同乙份樣本檢測結果不一致,才有比較的價值。

以下為分析部分。

基因突變與否,是個客觀的存在且短時間內唯一的(為何是短時間內是確定的主要是由於兩個方面因素。1.腫瘤由於細胞由於生長失去調控,在腫瘤細胞快速生長中,會發生基因的突變,2.

抗腫瘤藥物的作用壓力下,會加速這種突變)

基因突變能否檢測出,主要取決於以下因素。

1.樣本因素,合適的樣本型別是檢測結果可靠的首要條件,對於腫瘤基因檢測,最好的樣本是病理組織樣本,穿刺由於取得的組織樣本中腫瘤細胞的多少不確定,也會對結果有一定的影響,腫瘤生長中會發生壞死的現象,因此會釋放微量的腫瘤核酸進入血液中,因此血液樣本也可以作為檢測腫瘤基因突變的樣本型別,但是對前處理技術要求較高。

2.檢測平台,不同的技術平台,對基因突變的檢測靈敏度差異較大。常規的PCR方法靈敏度為突變細胞佔比1-0.1%,但是對於數字PCR技術,則可進一步提高檢測的靈敏度。

3.試劑效能差異,不同公司的試劑,效能有一定的差異。

5樓:

檢測手段可能存在差異,講細了測序平台,生物資訊學工具設定的引數之間的差異可能導致結果差距十分大。而且如果你拿到的不是原始資料,是解讀之後的資料,如何解讀和選擇什麼樣的突變解讀也是不一樣的。

市面上999一位的基因檢測靠譜麼?

華姐 前置 已猜出友商 1,基因檢測能準確測出這些專案麼 目前不能,這一方面是因為,雖然基因對我們的很多生理特徵都有重要影響,但這些特徵同時還受到人體內外環境 生活方式等諸多因素的影響。另一方面,儘管有些基因的作用原理已經較為明確,但還有大量與基因相關的謎題等待解開。為了證實基因與性狀之間的關係,足...

為什麼補碼第一位是符號位

仲一 為什麼有補碼?如何計算補碼?要明白如何計算補碼,首先要知道計算機是如何表示正數和負數的。首先明確一點,在計算機中負數存的是補碼,正數屬存的是原碼。無符號數轉有符號數 看無符號數的最度高位是否為1,如果不為1 即為0 則有符號數就直接等於無符號數 如果無符號數的最高位為1,則將無符號數取補碼,得...

seventeen的hit為什麼沒有一位!?

亞當日記 hit這首歌我真的是很喜歡,無論是曲子還是舞蹈,只能說十七國民度還沒有那麼高,音源起不來,十七最能打的就是限量了,而這首先行曲沒有實體專,等於最能衝擊一位的利器收起來沒有用,打歌時間也不長,所以沒有一位 現在得想辦法提高國民度啊 園園 認真的說,hit是單曲,只有音源和油管,沒有銷量的呀!...