1樓：
機器利用的是人的創造力。參見杜車別的一系列分析文章。
大致內容如下：
機器可以完美的利用現有知識，完全不出錯，但是無法創造出新的東西，因為機器不能容忍沒用的東西。人類歷史上很多偉大的創造（例如某些數學分支），最開始都被認為是沒用的東西，但卻是現代科技的基石，如果這些創造被當作廢物拋棄，人類科技的發展將停滯不前。
2樓：
題主的問題分兩部分：
1、生物能否向外提供能量。
答案是：綜合來看，生物生存總體是從外界接受能量，某一刻也許生物可以對外提供能量（比如你搬磚），那是因為你過去曾經獲得了能量（吃飯），你將它儲存並釋放而已。
但實際上，能源存在與否並不重要，石油是能源，但是放在地上的一桶石油不能幫你搬磚，能源需要轉化，石油想要搬磚，需要想辦法轉成機械能，目前是通過燃燒轉熱能再轉機械能。
乙個西紅柿，拿來發電（西紅柿原電池），沒有幾度電。拿來燒，水分太大點不著。想要烘乾西紅柿，還得提供能量（熱量）。
但是乙個人每天吃幾個西紅柿，就可以去搬磚了，這是生物體的能量轉化機制，目前的人類科技還不能做到直接由植物或動物產生足夠高效的能源，從這個角度，生物也有他的作用。
也許機器們養植了一些不需要日光的神秘動植物，然後攪成漿餵給人喝，再通過人體轉化這些能力為生物電。
稍微新增點東西：機器們不用石油等資源大概是考慮這些資源不可再生，他們想維持生態圈，這個細節請看黑3，涉及劇透不詳述。
2、黑客帝國是否違反熱力學第二定律
答案是：否
從黑客帝國的背景上來看（舊人類為了阻止機械人活動，發射火箭遮蔽了天空），是為了讓地面沒有光，但是沒有光直射到地面不代表太陽不會給地球能量，太陽可以把烏雲烤的暖烘烘嘛，加熱高空雲層也許熱量散失會比較大，但是仍然有能量可以傳遞到地表（以熱量的形式）。也許這些微不足道的熱量就是機械人培植的神秘植物生長所需的能量呢。
3、題外話：這種生物圈真的好搞麼
答案是，不好搞。生物圈二號實驗表示，以目前人類科技，僅僅用太Sunny做輸入能源，不足以支撐乙個小型生態系統的不間斷運轉。依靠太Sunny尚且困難，依靠太陽熱量那就更是難上加難了。
PS：死人做肥料貌似不錯，只要能找到一種弱光生長的植物，然後就是高效淨水，也許不難哦。
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gmhdsppp 黑客帝國是錯誤的，因為劇情裡人工智慧需要靠製造人類身體再通過人類自身產生生物電繼而給人工智慧提供能源，人工智慧這種東西是沒有疼痛感的，也許可以說隨著人類對人工智慧的發展 人工智慧的發展初期是有多少智慧型就需要有多少人工 當人工智慧發展出硬體身體 參考我與機械人這部電影 就算後期製造...