最近剛接觸二代測序,請問barcode是什麼意思,我只查到barcode在反向接頭中

時間 2021-10-23 16:55:35

1樓:張柏菜

DNA 條形碼(DNA barcode)是通過一段短的標準DNA 片段實現物種的快速、準確和標準化鑑定。線粒體細胞色素C 氧化酶亞基I(COI)(約600bp)基因作為動物的DNA 條形碼已廣泛應用於物種鑑定中,在植物上已選定葉綠體rbcL和matK 基因作為基本的DNA 條形碼。目前世界各國真菌學家正對不同的真菌類群進行不同基因片段的篩選與評價,並在第四屆國際生命條形碼大會上正式推薦了ITS 作為真菌的首選DNA 條形碼。

DNA 條形碼的核心問題是標準片段的確定。理想的DNA 條形碼系統應滿足如下標準(Taberlet et al. 2007):

(1)基因區序列在種內的不同個體之間變異小,但不同種之間存在足夠大的差異,以便於區分不同的物種;(2)對於不同的分類群可以用相同的DNA 區域進行標準化操作;

(3)目標DNA 片段應包括足夠多的系統進化資訊,便於不同分類等級生物物種的鑑別;

(4)引物通用性強、擴增成功率高;

(5)目標DNA 片段大小合適,便於部分受損DNA 樣本的擴增和序列分析。

2樓:Xi Yang

barcode是一小段序列,用來區分同一「道」裡面的樣品。每個樣品接一種barcode。對於illumina,測序的時候專門有乙個read是測這個的,在翻轉之後,測reverse read之前。

我已經半年不搞啦,不知道變了沒有。

這是因為一「道」的測序通量可能很大,你很有可能用不著那麼高通量。比如可能一「道」有幾個G,但你乙個樣品只要測幾十個M(特別是測marker gene的時候,比如16S、ITS)。如果不能讓一堆樣品能夠共用一「道」,就太浪費了。

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