1樓：付光棟
除了上面幾位答主提到的軟體外，我前些年用sas做過簡單的BLUP運算，只為簡單了解過程。
在2023年6月份的時候，看到北京維斯恩思軟體有限責任公司 Genstat ，有乙個Genstat與ASreml 的結果作為對比的PDF。描述 Genstat 在動物模型分析中的應用，包括單性狀動物模型、遺傳力計算、育種值估計、重複力估算等方面，並用 ASreml 的結果作為對比。
有提到可以免費申請試用，但我沒有用過也沒有見過，僅提供資訊！題主可以看看。
2樓：王識之
現有R的package都只能支援單性狀的遺傳評估分析，可以支援多性狀的只有付費版的R ASReml（學生價大概一年60澳幣，需要提供學生證）
3樓：
如果資料不大的話，試試pedigree包，整理和優化下系譜什麼的還是很方便。如果想專業的話，DMU或者Asreml 都是很好的選擇。
4樓：
求解混合線性模型，CRAN就有若干現成的包吧？
===2015-05-24===
R/rrBLUP或者R/nlme吧？沒用過後者。
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