複雜化學系統的多尺度模型有哪些理論基礎和應用領域?

時間 2021-05-30 00:01:32

1樓:

首先我們需要知道的是,這一研究的領域是計算化學,也就是利用計算機模擬涉及到化學反應的體系。既然是「模擬」,那就需要在計算機中盡量的還原真實世界中化學分子的性質。化學分子的性質本質上是由其物理規律決定的,所以計算化學就需要在計算機中根據物理定律為分子搭建模型。

我想大家應該知道,巨集觀物體的物理規律可以用牛頓力學(經典力學)很好的進行描述,而到了微觀尺度就必須使用量子力學進行描述。那麼化學分子到底是「微觀」還是「巨集觀」呢?其實化學分子既可以是「巨集觀」也可以是「微觀」,區別是你看待它的「尺度」。

在計算化學中,如果我們將化學分子認為是由原子和化學鍵組成,並由此在計算機中進行建模,我們會發現使用經典力學的公式就可以很好的描述分子的很多性質,比如化學鍵的伸縮、鍵角的開合、二面角的轉動、整體結構的扭動、旋轉、平移、碰撞等等,這種對分子的建模方式稱為MM(molecular mechanics分子力學)模型。然而化學鍵的斷裂和生成等性質涉及到其中電子結構的變化,MM模型將原子看作乙個整體,所以便無法描述相關的性質。這時候,就必須在建模時將電子也考慮進去,因為電子的運動必須使用量子力學進行描述,所以這樣的模型稱為QM(quantum mechanics量子力學)模型。

對於同乙個體系,QM模型的計算的複雜度是遠遠高於MM模型的,而且差異往往是幾個數量級。這是因為QM模型模型本身就要比MM模型複雜(MM將原子看作乙個整體,而QM模型還需要考慮電子),而且量子力學的計算公式複雜的也遠高於MM模型。但是QM模型可以模擬MM模型無法實現的化學鍵的斷裂和生成,而且QM模型更精細的結構也可以獲得精度更高的計算結果。

也就是說,在計算化學中可以根據不同的尺度對化學分子進行建模。可以看到,模型的「精度」和「速度」往往是一對矛盾體,更加精細的尺度就可以實現更高的計算精度,但付出的計算代價往往也越多,反之亦然。顯然QM模型比MM模型的建模的尺度更精細,所以精度更高,但是計算速度更慢。

其實計算化學中的不僅僅有QM模型和MM模型,如果我們在建模時考慮更精細的結構(比如原子核的量子效應)則可以得到精度更高計算結果,但是計算代價也更加昂貴;反過來也可以使用更粗糙的方式進行建模(比如將乙個甚至幾個分子當成乙個整體),以實現雖然精度較差但速度較快的模型。

因此在實際中往往根據所需要模擬的性質的不同,選擇使用不同的模型。比如如果想要研究蛋白質分子的摺疊過程,大多數情況只涉及分子的構象變化,所以使用MM模型足矣。而如果想要模擬有機小分子的化學反應,就必須使用QM模型。

然而,實際研究中所涉及到的化學體系往往是複雜的,並非只需要研究單一的性質。比如,計算化學的乙個重要的研究方向就是蛋白質的酶催化反應,不但涉及化學反應,也涉及蛋白質的構象變化。顯然,MM模型只能滿足構象變化的需求,而如果使用QM模型對整個蛋白質體系進行建模,計算速度會十分緩慢。

而2023年諾貝爾化學獎所解決的就是這一問題。因為如果仔細研究上面的體系,就會發現其實涉及化學反應的部分只佔體系中很小的一部分,所以可以將這一涉及化學反應的部分使用QM模型進行描述,而其餘部分使用MM模型就足夠了,這樣就可以在實現化學反應的同時,保持較高的計算按速度。這種混合形式的模型被稱為QM/MM模型,這種對同一體系使用不同尺度的模型進行建模的方式,則被稱為「多尺度模型」。

綜上所述,在計算化學中,使用不同尺度的模型進行建模可以達不同的效果,通常尺度約精細,計算精度越高,但是計算速度越慢,反之亦然。而對於複雜的化學體系,可以根據需要,對體系的不同部分使用不同尺度的模型進行建模,從而以最小的計算代價實現所需的計算精度,這便是獲得2023年諾貝爾化學獎的「多尺度模型」。

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