1樓：喵星大佬
Lammps不是關鍵的，主要還是看勢函式型別。比如Vdw用的啥形式？如果是L-J 12/6勢，就會快很多，如果是Buckingham勢就慢得多；有沒有用到多體勢？
有的話就會慢很多。再比如成鍵展開到幾階？用Morse勢就會慢很多；等等。
再就是Ewald方法只是計算靜電作用的長程部分，而且有各種實現方式，比如PME，SPME，PPPPM等等，速度精度各種也不一樣。下乙個關鍵的是電荷是固定的？還是可極化的？
可極化的話具體計算形式呢？EEQ？還是啥？
最後也是最關鍵的，你研究的問題涉及的時間尺度是多少？這個決定了你要花多大的代價。其他的雜七雜八的比如積分步長啊，走步演算法啊，熱浴壓浴啊，有沒有用限制勢或者約束凍結之類的啊這些都多少有影響。
Lammps的GPU計算限制比較多，如果是Intel的處理器用OneAPI一套編譯Intel元件的話速度在MD軟體中不算慢，當然能用Kokkos跑GPU會更快。
給個參考吧，模擬膜蛋白體系，Gromos96_54a8_v1力場，約230000原子，用Gromacs2021.3，硬體是2060s+雙路E5v3，24核，用mts，一天可以跑73ns
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