1樓：
一點拙見。
1. 文庫的製備（簡短流程）
片段化隨機打斷－末端修飾－加A-加接頭-片段選擇－擴增－文庫質控
注意這個地方是文庫是隨機片段。
2.上機之前cbot製備－即將文庫長到FC上。hiseq2000測序過程和cbot是分離的。
在CBot上進行cluster生成的時候，模版雜交-延伸之後變性用NaOH將雙鏈變成單鏈，然後進行擴增。這個過程隨機的片段文庫是變性成單鏈了，就是包括正、負鏈。
p5，p7是有可能都長到fc上的，可以理解為兩種鏈一起進來只是乙個形式。但是最後有個線性化的過程，會把p5端切掉。保留乙個單鏈進行測序。
cbot過程所用試劑如下：
3。 那麼再看duplication的問題。
剛一直提到文庫是隨機的片段，當然文庫測到重複肯定是存在的，但這並不是全部測的一樣的概念。
假設測pe50，就是雙端測序測50bp，文庫是基因組打斷的，就是這段是50-100，那段是150-350，還有一段是450-900，這樣的概念，那麼我們測100bp，只不過是從基因組不同的地方測了100bp，所以下圖看到的藍色的一樣的鏈其實是不一樣的。。。so，這種測到重複的概率不是50
％。
而真正跟與重複相關的是pcr次數，特殊文庫如pcr－free文庫，或者文庫較短，測序長度超過文庫全長（pe300，文庫只有150.）還有可能是樣本起始量很低，容易產生相同的reads。cbot擴增也會有dup。
等。
2樓：
1. 建好庫後的序列結構如下：
2.在flowcell上，有兩種oligo分別是P5與P7，在cluster amplification這個過程中，第1步，只能是與P7互補配對的序列進行PCR。
3. 真正擴增的細節如下：以及：
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