1樓：
壞處是個人資料的碎片化。
比如我在Linux下程式設計，突然需要我改word文件，不得不切換到windows。改好後重啟到Linux下繼續程式設計，然後需要用Matlab打乙個草稿，卻發現Matlab裝在windows下。。雙系統嚴重影響工作效率。
解決方法是windows筆記本+Linux台式電腦+KVM switch。最好能在台式電腦上開vnc服務，偶爾需要在Linux上幹點活就用vnc client連過去。
2樓：Ourd Nant
就像上面說的，開機時間變長了，因為開機有個Grub之類的。
還有就是對單一系統來說可用磁碟空間更小了。
要說其他效能影響基本上沒有，不過存在個公共儲存區域的相容性問題。
比如Linux+Windows這種，Linux這邊可以掛載訪問Windows的NTFS分割槽，但是無視NTFS的檔案許可權，而且檔名區分大小寫，並且允許一些Windows下不允許的檔名（比如帶:"*^甚至\都是允許出現在檔名中的）。不過VFAT分割槽沒有這種問題。
另外Linux對exFAT支援不是很完善，經常掛載不上。
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